《虫虫危机》灵感取材自伊索寓言《蚂蚁与蚱蜢》的故事，讲述一段昆虫世界的冒险之旅。在一个美丽的蚂蚁王国，大家整日都在辛苦的工作。而有一只名叫飞力的蚂蚁有着自己的爱好—发明创造。不过尽管他辛辛苦苦法发明了一种“收割机”，但王国的统治者蚁后和公主还是看不起他和他的发明。
蚂蚁王国最大的威胁是一群蝗虫，这群蝗虫总是抢夺蚂蚁们的劳动成果—粮食，他们是蚂蚁王国的一大块乌云。在一次蝗虫进行掠夺时，飞力为了保护他的发明把粮食碰到了悬崖下。恼火的蝗虫抓住了公主的妹妹小不点来出气。紧要关头，飞力挺身而出，怒斥蝗虫军团的头目霸王。为了得到更多的粮食，霸王放开了小不点，他威胁说如果他下次来得不到双倍的粮食他将血洗蚂蚁王国。
由于飞力把粮食都弄丢了，大家把心中的恐惧和不满都发泄在他的身上，蚂蚁王国决定驱逐飞力。为了留在自己的祖国，飞力提出了一项建议：他将去找比蝗虫更大的虫子来赶走蝗虫。由于没有什么更好的办法，蚂蚁王国给了飞力一次机会去兑现他的承诺。
飞力来到了城市，在这里他看到了一群昆虫打败了一群无赖的挑衅，这使得飞力对他们十分崇拜，认为他们就是能够打败蝗虫的“大虫子”。实际上这群昆虫是一群失业的马戏团演员，有甲虫、螳螂、蜘蛛等。他们正在找事作，于是便接受了飞力的邀请，但并没有说明他们的身份。
来到了蚂蚁王国，蚂蚁们并不十分相信这些模样古怪的昆虫，并且昆虫们自己也有些害怕，打了退堂鼓，准备离开这里。虽然得知昆虫们的真实身份后飞力很失望，但他极力阻止昆虫们离开，否则他会被蚂蚁们认为是个大骗子。后来昆虫智斗小鸟，救出了飞力和小不点，得到了蚂蚁们的好感，也找回了自信心。由于飞力受到了小鸟的启发，决定做一支假鸟来吓退蝗虫。假鸟完成了，霸王也带着它的恶棍军团逼近了蚂蚁王国。
孰料这时马戏团的老板来找他的昆虫演员了。当蚂蚁们得知昆虫们是马戏团的演员时，失望万分。蚂蚁王国驱逐了飞力和昆虫们。恰恰这时，蝗虫军团来了。在小不点的劝说下，飞力和昆虫们决定一起迎战蝗虫。虽然假鸟开始吓住了蝗虫的进攻，但狡猾的霸王识破了飞力的假鸟，准备一举摧毁蚂蚁王国。不料出现了一只真鸟，而霸王以为这还是飞力的诡计，毫不退让，于是成了鸟儿的腹中餐。于是蝗虫们溃不成军。
又是一个春来到，原公主当上了蚁后，飞力也受到了嘉奖。而昆虫们，回到了他们的城市。一个完美的结局。
